Le terrain sur lequel est implanté l’Ecole Sainte Anne est un des plus anciens sites de la ville.
C’était un fief, son propriétaire « Guillaume de Bellejambe»  vendit en 1378 à Claude Lemaistre, originaire de Montlhéry, la famille gardera la propriété jusqu’en 1574.

En 1736, elle appartiendra au Duc de Mazarin, puis en 1774 elle sera achetée par la Famille Billoin.

En 1778, Charles Bernard, conseiller du roi Louis XVI, Baron de Ballainvilliers, témoigne que ce fief comprend : maison, bâtiment...

C’est en 1874 que le lieu fut transformé en école pour la première fois. En effet, la municipalité avait loué à la veuve Laborie une partie des bâtiments pour y installer l’instituteur et quelques classes.


En 1883 le curé de Longjumeau achète le clos qu’il cède en 1887 à la société prévoyance versaillaise qui installe définitivement une école dans cette partie du diocèse de Versailles.
Les soeurs de Saint Vincent de Paul prennent en charge l’établissement qui prend le nom d’ « école Sainte Anne » et le domaine s’appelle alors le clos Ste Anne. Sainte Anne est avec Saint Martin, la patronne de l’église de Longjumeau.
Mais surtout, Sainte Anne est la mère et l’éducatrice de la Sainte Vierge Marie, mère du Christ ; l’école avait donc une patronne prédestinée pour remplir sa mission d’éducation.

En 1901, le début des lois anti religieuses interdit aux religieuses d’enseigner. Sainte Anne adopte alors un statut de propriété privée et est dirigée par deux directrices laïques : Melles Henriot et Besse.

En 1923, quelques bonnes volontés de Longjumeau et des environs créent l’Association Sainte Anne qui devient propriétaire des lieux à la demande de l’évêque de Versailles.

En 1924, l’Ordre des Oblates de l’Assomption nomme une religieuse sécularisée, Mme d’Ozouville comme directrice.
Le président de l’Association Sainte Anne est alors le Dr Ort.

Lors de la seconde guerre mondiale L’école connut une interruption. Les locaux furent transformés en poste de commandement par les Allemands en 1941, puis en poste de contrôle des alliés à la libération de 1944.

En 1960, sous la loi Debré, l’Association Sainte Anne se sépare en deux entités :
- l’Association Sainte Anne, propriétaire de l’immobilier qui loue à l’école l’ensemble du terrain et des bâtiments
- l’Association OGEC Ecole Sainte Anne (organisme de gestion de l'enseignement catholique) qui assure le fonctionnement matériel de l’école.

En 1983, les nouveaux bâtiments de la maternelle sont construits.

En 1984, les religieuses arrêtent l’enseignement à Sainte Anne ; la dernière directrice se nomme Soeur Anne Marie. La direction de l’école est désormais assurée par un chef d’établissement nommé par la direction diocésaine.

En 1997, un contrat d’association est signé avec l’Etat.

Durant les années 2005 et 2006, un vaste programme de remise aux normes de sécurité est mis sur pied grâce à des prêts et des subventions du diocèse d’Evry.

Depuis des travaux d’amélioration intérieure et de mise aux normes d’hygiène se poursuivent.

Juillet 2014, Installation des premiers tableaux numériques.

Eté 2017, Reprise des fondations en sous-oeuvre.

Eté 2020 : 

Réhabilitation du bâtiment existant.

Aménagement du nouveau réfectoire.

Construction d'une nouvelle cuisine.

Construction d'une nouvelle extension comprenant deux salles de classe et une salle poly-activités.